.VCF Dosya Uzantısı Nedir?
VCF dosyası, biyoinformatikte varyant genetik diziler hakkında bilgi depolamak için kullanılan bir metin dosyasıdır. Dosyanın biçimini, kaynağını, oluşturulma tarihini ve referans genomunu açıklayan meta veriler içerir ve sütun biçiminde genetik dizileme verileri içerir. VCF dosyaları, 1000 Genom Projesi gibi büyük ölçekli genotipleme ve DNA dizileme projelerinin bir parçası olarak kullanılır.
Varyant Çağrı Format Dosyası
.VCF dosya formatı hakkında tablo halinde detaylı bilgiler yer almaktadır.
| Dosya Uzantısı | .VCF |
|---|---|
| Uzantı Adı | Varyant Çağrı Format Dosyası |
| İngilizce Adı | Variant Call Format File |
| Geliştirici | 1000 Genomes Project |
| Dosya Türü | Metin Dosyaları |
| Format | Metin (Text) |
Anahtar Kelimeler: vcf, file, extension, format, vCard File, data, open, information, Varyant Çağrı Format Dosyası
Daha Fazla Bilgi
VCF dosyası GitHub Atom'da açık. Varyant genetik bilgisinin depolanmasını kolaylaştırmak için 1000 Genom Projesi Varyant Çağrı Formatını (VCF) oluşturdu. Bu format, biyoinformatikçilerin bir genomun varyantlarını, bu varyantların genetik verilerini bütünüyle kaydetmeden kataloglamasına olanak tanır. Bunun yerine, biyoinformatikçiler genomun varsayılan bir referans kopyasını bir .FASTA veya başka bir dosyaya kaydeder ve ardından genomun varyantlarını bir VCF dosyasında tanımlarlar. Bu, biyoinformatikçilerin gereksiz verileri elemek zorunda kalmadan genetik varyantları hızlı bir şekilde incelemesine ve analiz etmesine olanak tanır. VCF dosyası, başlığında tarih, kaynak ve diğer ilgili meta verilere göre oluşturulan kendi dosya formatını tanımlar. Meta verilerin en önemli parçası, VCF dosyasının referans genomunun nerede saklandığını açıklayan VCF dosyasının ##referans bilgisidir. VCF dosyası, gövdesinde aşağıdakiler de dahil olmak üzere sekiz zorunlu sütuna ayrılmış varyant genetik dizileme verilerini içerir: CHROM: Varyasyonun çağrıldığı dizinin adı POS: Varyasyonun verilen sekans üzerindeki 1 tabanlı konumu ID: Varyasyonun tanımlayıcısı veya . tanımlayıcı bilinmiyorsa REF: Referans dizisi üzerinde verilen konumdaki referans baz ALT: Bu konumdaki alternatif alellerin listesi QUAL: Verilen alellerin çıkarımı ile ilişkili bir kalite puanı FILTER: Varyasyonun belirli bir filtre setinden hangisini geçtiğini gösteren bir bayrak INFO: Varyasyonu tanımlayan anahtar-değer çiftlerinin genişletilebilir bir listesi Bazı VCF dosyaları FORMAT ve ÖRNEK dahil olmak üzere ek veri sütunları içerebilir.
Bilişim Teknolojileri ve Uygulamalar
Bilişim teknolojisinin temel bilgilerini, olası hataları, terim ve kavramları keşfedin. Ayrıca hepsi tek bir yerde bulunan mac uygulamaları, yazılımları ve araçlarından oluşan seçkin koleksiyonumuzla sınırsız olanaklar dünyasına adım atın.